يمكن أن يحفز التهاب اللوزتين المزمن الإصابة بأمراض القلب والأوعية الدموية الخطيرة. ويكمن السبب الرئيسي لالتهاب اللوزتين المزمن في تراكم البكتيريا الممرضة في اللوزتين، وأكثرها خطورة هي بكتيريا المكورات العقدية والرخصيات (Mollicutes) والمتدثرة (الكلاميديا - Chlamydia)لأنها محفزة للالتهابات.

إلى أنه في حالة الالتهاب المزمن يضعف الحاجز الواقي للغشاء المخاطي للوزتين، ما يؤدي إلى انتشار البكتيريا في جميع أنحاء الجسم مسببا مضاعفات غير متوقعة. وأخطر هذه المضاعفات هي الروماتيزم وأمراض القلب والأوعية الدموية بما فيها التهاب عضلة القلب واضطراب ضربات القلب وقصور الأوعية الدموية، وكذلك أمراض الكلى والجهاز البولي التناسلي مثل التهاب كبيبات الكلى والتهاب الحويصة والكلية.