عانى الفنان الراحل أبوبكر سالم في السنوات الأخيرة من مجموعة من الأمراض التي لم يغب معها صوته حتى النفس الأخير وظل طوداً بقامته وروحه وابتسامته المعهودة. وأكد نجله المرافق له أحمد أبوبكر في تصريح سابق أن والده عانى منذ سنوات من مشاكل صحية في القلب وفشل كلوي، وعاد إلى الرياض في 29 أكتوبر/تشرين الأول 2016 بعد رحلة علاجية في ميونخ بألمانيا، بحسب "العربية.نت". كما خضع الفنان الراحل لعملية قلب مفتوح منذ 5 أعوام في ذات المستشفى الألماني، وكانت ترافقه في رحلته العلاجية زوجته أم أصيل ونجله أحمد. وأيضا حظي الفنان اليمني أبوبكر سالم باهتمام ومتابعة حالته الصحية من أعلى المستويات منذ دخوله مستشفى الملك فيصل التخصصي بالعاصمة السعودية الرياض قبل حوالي 10 أعوام.